De commissie maatschappijwetenschappen koos er nadrukkelijk voor om het vak maatschappijwetenschappen een eigen karakter te geven en daarmee duidelijk te onderscheiden van het vak maatschappijleer.
Het doel van maatschappijleer, namelijk burgerschapsvorming, is een ander dan dat van maatschappijwetenschappen namelijk inzicht verwerven in de structuren en processen van de samenleving en van het samenleven.
De samenhang tussen beide vakken zit in het feit dat beide de samenleving als object hebben. Echter maatschappijleer richt zich op de participatie van burgers in de samenleving en de daarbij behorende rechten en plichten, maatschappijwetenschappen op het bestuderen van de samenleving op basis van kennis en instrumenten van de sociale wetenschappen (Schnabel en Meijs, 2009).
De samenhang tussen de domeinen van beide programma's:
In de meeste gevallen zullen niet alle leerlingen die maatschappijleer hebben ook maatschappijwetenschappen in hun pakket hebben. Het afstemmen van de programma's van deze twee vakken zal dus niet eenvoudig zijn. Wel is het meestal zo dat maatschappijleer door de leerlingen wordt afgerond voordat zij maatschappijwetenschappen afronden. U kunt dus voortbouwen op kennis en vaardigheden die leerlingen bij maatschappijleer hebben verworven. Daarover is in de syllabi voor havo en vwo de volgende passage te vinden:
"De kandidaat is bekend met die begrippen uit het examenprogramma maatschappijleer die in domein B: Rechtsstaat en domein C: Parlementaire Democratie van dit programma voorkomen, en die logischerwijs bij het CE-deel van het examenprogramma Maatschappijwetenschappen aan de orde kunnen komen. Deze begrippen worden wel bekend verondersteld, maar niet als zodanig bevraagd in het CE Maatschappijwetenschappen".